Struktura pionu naukowego Instytutu Slawistyki złożona jest z czterech zakładów. W każdym Zakładzie funkcjonują zespoły tematyczne, odpowiedzialne za wykonywanie tematów statutowych Instytutu. Zespoły powoływane są na czas niezbędny do wykonania konkretnego projektu. Struktura pionu naukowego jest zatem elastyczna i dostosowana do zadań statutowych.